医院院址前身是甲午战争后， 1896 年建造的杭州洋关，现为杭州市重点文物保护单位。 医院于 1954年，在“拱墅区公费补助门诊部”的基础上创建“杭州市第二医院”， 1999年2月挂牌成为“杭州医学高等专科学校附属医院”，2001年12月，杭医高专并入杭州师范学院，医院随之更名为“杭师大医学院附属医院”。2004年7月成为杭州师范大学临床医学院、杭州师范大学附属医院。 2011年，被浙江省卫生厅评为“三级甲等综合性医院”
医院为国家级爱婴医院、卫生部紧急救援中心网络医院、浙江省和杭州市医疗保险定点医院、江西省鄱阳县农保定点医院、杭州市结核病收治定点医院、大连医科大学硕士研究生联合培养单位。杭州市心血管病研究所、杭州市口腔医疗质控中心、杭州市医院病历质控中心、杭州师范大学“认知与脑疾病研究中心”和“衰老研究中心”、杭州市急救中心城北急救站等医疗质量与学术中心设在院内。
医院坐落在京杭大运河畔，拱宸桥东，占地面积 66 亩，院内绿树成荫， 古樟成群， 现代化建筑与历史古迹交相辉映，是一座典雅的花园式医院
风雨历程五十余载，医院始终秉承“仁心仁术、博学博爱”的办院理念，以“治病救人、教书育人”为目标，不断创新管理思路，加强人才引进和培养力度，着力提升学科建设水平，融合高素质的优质护理及先进的医疗设备，有力促进了医疗技术、教学质量、科技创新、服务水平的提高，实现了医疗、教学、科研、管理的一体化建设与发展。
心血管内科：杭州市医学重点学科。配备现代化的重症监护病房，对抢救、治疗、监护多脏器功能衰竭及危重心血管病人具有丰富的临床经验，对各种复杂、疑难心血管疾病的诊治有较强的技术力量和先进的设备条件。目前CCU病房急性心梗死亡率接近国内最低水平。
神经外科：是杭州市医学重点学科。科室以救治重型颅脑损伤为中心，抢救脑血管疾病为重点，微创治疗脑肿瘤为特色，集颅脑创伤、脑血管疾病、肿瘤等治疗、预防、抢救和科研为一体，充分发挥学科交叉，资源共享优势，成功开展了一系列神经外科疾病的诊治，其中重型颅脑损伤的抢救成功率达国内先进水平，是杭州交通事故联合救援中心的主要科室。
耳鼻咽喉科：杭州市重点学科。在耳鼻咽喉-头颈肿瘤外科、耳显微外科、鼻腔鼻窦微创外科、咽喉及嗓音外科及听力疾病诊治、变态反应性疾病、眩晕疾病等领域不断取得创新成果，填补了多项省、市技术空白，综合实力位于浙江省前列，是浙江省内诊治喉癌患者最集中的学科。
肿瘤科是杭州市重点学科。擅长各种肿瘤的手术、化疗、介入和生物治疗等综合治疗，熟悉和掌握肿瘤诊断与治疗的国内外最新技术及中西医结合方法，经治患者的有效率达国内领先水平。主持完成多项国家自然科学基金面上项目、浙江省科技攻关项目、浙江省自然科学基金项目等数十项重大科研项目，并参加完成了国家863项目，获多项国家发明专利和省市科技进步奖。
医学检验科是杭州市重点学科。科室集医学、科研与教学为一体，配有先进齐全的医学检验仪器设备，下设放射免疫中心、临床化学检验室、临床微生物学检验室、临床免疫学检验室、基因扩增实验室、艾滋病初筛实验室、门（急）诊化验室等多个专业检验室。主办《特殊检验医学临床应用进展》国家级和省级医学继续教育学习班。
杭州师范大学附属医院（杭州市第二人民医院），创建于1949年。经过几代医务工作者的辛勤奉献，医院目前已成为一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的浙江省三级甲等综合医院，肩负着临床医疗和医学教学双重任务。
血液净化中心
血液净化中心于2008年开始运行，该血液净化中心是萧山区除了城区医院首家成立血液净化中心的基层医院，经过几年的发展壮大，极大地方便了周边需要进行透析的患者，也深得其他各县乃至日本有人的好评。
血液净化中心配有具有国际先进水平的血液净化装置及一流的反渗透水处理装置。为了让患者在舒适、轻松的治疗环境中度过漫长的五个小时治疗时间，该中心在每张透析床前均配有了液晶电视机及耳机，让病人在透析过程中，可换看自己有兴趣的电视节目，又不会影响到其他患者，受到了患者欢迎。由经过专业培训技术娴熟的医生、护士为患者操作，以优良的技术和优质的服务为东片地区的患者服务。
血液净化中心由我院院长、肾内科专家杨建民主持，杨建民院长对“血透疑难病人的通路建立”在萧山乃至全省都较为有名，许多病人慕名前来。2011年通过与瓜沥镇慈善分会联合启动“尿毒症透析治疗救助项目”，免费为瓜沥镇的尿毒症患者进行血液透析或腹膜透析的治疗。
手外科
手外科隶属于骨科，骨科病区位于门诊综合楼五楼，开放床位31张，医护人员18名，其中副主任医师3名、主治医师4名、护士9名。拥有C臂机、骨折创伤治疗仪、电脑牵引床等先进设备。承担着萧山东片地区创伤骨科的急救和治疗工作。能够完成复杂创伤的急救、人工关节置换、四肢骨折脱位复位内固定、腰椎骨折复位内固定、周围神经血管损伤修复、断指再植、肌皮瓣转移等手术。
手外科专科与2006年成立，以四肢显微外科修复重建为主，包括急诊手足外伤及断指（肢）再植、周围神经手术、四肢皮肤软组织修复与拇、手指再造、四肢功能重建等。2009年7月与省人民医院建立合作关系，成为省人民医院手外科合作基地，并开设手外科（颈肩痛）专科门诊，每周五由省人民医院手外科中心主任谢庆平主任医师来我院坐诊，主诊手外伤及颈肩痛病人，为东片地区百姓提供优质的服务。
心血管内科：杭州市医学重点学科。配备现代化的重症监护病房，对抢救、治疗、监护多脏器功能衰竭及危重心血管病人具有丰富的临床经验，对各种复杂、疑难心血管疾病的诊治有较强的技术力量和先进的设备条件。目前CCU病房急性心梗死亡率接近国内最低水平。
神经外科：是杭州市医学重点学科。科室以救治重型颅脑损伤为中心，抢救脑血管疾病为重点，微创治疗脑肿瘤为特色，集颅脑创伤、脑血管疾病、肿瘤等治疗、预防、抢救和科研为一体，充分发挥学科交叉，资源共享优势，成功开展了一系列神经外科疾病的诊治，其中重型颅脑损伤的抢救成功率达国内先进水平，是杭州交通事故联合救援中心的主要科室。
耳鼻咽喉科：杭州市重点学科。在耳鼻咽喉-头颈肿瘤外科、耳显微外科、鼻腔鼻窦微创外科、咽喉及嗓音外科及听力疾病诊治、变态反应性疾病、眩晕疾病等领域不断取得创新成果，填补了多项省、市技术空白，综合实力位于浙江省前列，是浙江省内诊治喉癌患者最集中的学科。
肿瘤科是杭州市重点学科。擅长各种肿瘤的手术、化疗、介入和生物治疗等综合治疗，熟悉和掌握肿瘤诊断与治疗的国内外最新技术及中西医结合方法，经治患者的有效率达国内领先水平。主持完成多项国家自然科学基金面上项目、浙江省科技攻关项目、浙江省自然科学基金项目等数十项重大科研项目，并参加完成了国家863项目，获多项国家发明专利和省市科技进步奖。
医学检验科是杭州市重点学科。科室集医学、科研与教学为一体，配有先进齐全的医学检验仪器设备，下设放射免疫中心、临床化学检验室、临床微生物学检验室、临床免疫学检验室、基因扩增实验室、艾滋病初筛实验室、门（急）诊化验室等多个专业检验室。主办《特殊检验医学临床应用进展》国家级和省级医学继续教育学习班。
是同一个地方，在拱宸桥 ，是杭州师范大学附属医院