巩姓的祖先来自古代羌族姓氏。古代羌族姓氏中有巩姓，如巩廉玉。出自春秋时晋国大夫巩朔的后代。

姓起巩邑，望出山阳。出自姬姓，是以地名命姓的姓氏。周朝周敬王有个同族卿士简公收封于巩（今河南巩县），称为巩简公。巩简公一度执掌朝政，他鉴于周王室的历次内乱，大多因为贵族掌权而引起的。于是他便录用从各诸侯来的人士，而不再任用王族子弟为官。这项措施，引起了王族子弟的不满。后来王子朝作乱，将他杀害了。他的子孙便原封邑名"巩"命姓，称巩氏。