明朝南京六部的作用分别为:

1、南京户部，负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，同时还负责漕运、全国盐引勘合；

2、南京兵部，负责南京地区的守备，南京兵部尚书与镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务；

3、南京吏部，负责南京地区官员六年一度的京察考功；

4、南京刑部，负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名；

5、南京工部，管辖南京及附近各省的重大事务，并铸造由南京户部刷印盐引勘合的铜板；

6、南京礼部，负责主持礼仪祭祀活动。